Diese Scripte werden dann auf den jeweiligen Mastertemplates wieder an den richtigen Stellen eingebunden.
Dazu habe ich einen neuen Helper unter application/helpers/collector.php eingerichtet.

class Collector_Core
{
    /**
     * Arrays containing URL's to scripts/styles (fill with standards)
     * @var string
     */
    static protected $scripts       = array();
    static protected $styles        = array();

    /**
     * Adds a url to store
     * @param string $file the local path to file
     * @return void
     */
    static public function addJs($file)
    {
        self::$scripts[] = $file;
    }

    /**
     * Adds a url to store
     * @param string $file the local path to file
     * @return void
     */
    static public function addCss($file)
    {
        self::$styles[] = $file;
    }

    /**
     * Generates/renders collectors items
     * @param boolean      $print whether to echo the output or just return rendered string
     * @return string      the rendered output
     */
    static public function renderJs($print = false)
    {
        $scripts    = array_unique(self::$scripts);
        $output     = html::script($scripts);
        if ($print)
        {
            echo $output;
        }
        else
        {
            return $output;
        }
    }

    /**
     * Generates/renders collectors items
     * @param boolean      $print whether to echo the output or just return rendered string
     * @param string|array $media type for this style (all, screen, print, media)
     * @return string      the rendered output
     */
    static public function renderCss($print = false, $media = 'all')
    {
        $styles = array_unique(self::$styles);
        $output = html::stylesheet($styles, $media);
        if ($print)
        {
            echo $output;
        }
        else
        {
            return $output;
        }
    }
} // end of Collector_Core

Dieser Helper kann nun aus allen Controllern heraus befüllt werden.

class Welcome_Controller extends Template_Controller
{
    /**
     * set master template
     */
    public $template = 'master_default.tpl';

    /**
     * default constructor
     * @param void
     * @return void
     */
    public function __construct()
    {
        // load parent constructor
        parent::__construct();

        // collect scripts and styles
        collector::addCss('/css/fancybox');
        collector::addJs('/js/jquery.1.3.2');
        collector::addJs('/js/jquery.fancybox');
    }
    /** more code here */
} // end of Welcome_Controller

Nachdem nun alle relevanten Skripte eingesammelt wurden, kann man diese auf dem Template wieder ausgeben lassen.

<?php collector::renderCss(true, 'all'); ?>

<!-- html code here -->

<?php collector::renderJs(true); ?>

Der Kollektor sorgt dafür das keine doppelten Skripte geladen werden.